萬歷四十二年(1614年),朝廷敕賜海會寺新名“萬善寺”,并頒大藏經卷,但丹陽民間仍習慣稱“海會寺”。同一時期,丹陽地方人士為“鎮風水”,在丹陽東門古運河畔興建寶塔,因此地臨近萬善寺,修建的寶塔被命名為“萬善塔”。明天啟末年,丹陽開工建萬善塔,至明崇禎十年(1637年)建成。塔身7層,高47.76米,為木檐樓閣式,平地而起,直上蒼穹,故又稱"通天塔"。按層建成塔室,外觀為8面,各層均有外廊。各室架有木梁,上鋪樓板,有木扶梯按層折上。
萬善海會寺建成后,一度香火旺盛,1644年,明朝滅亡,清朝建立,萬善海會寺正常運行。清康熙二十年,寺廟大殿毀于火災,僧寶相募建。此后的100多年,中國經歷了康乾盛世,社會穩定,經濟繁榮,萬善海會寺得到了快速發展,高僧輩出,寺名遠播數百里。至清朝末年,太平天國農民起義爆發,咸豐庚申(1860年),天平軍攻占丹陽城,縣城遭到嚴重破壞,在這次戰火中,萬善海會寺遭到毀滅性破壞。
同治四年(1864年),丹陽重新被清軍占領,這時的萬善海會寺已是“荊棘縱橫,瓦礫堆積”。上升授權寬鴻重新募建,歷盡艱辛,從同治六年(1866年)至光緒九年(1883年)這十八年中,恢復了寺廟百分之九十的建筑,只有藏經樓尚未告成。為了表彰功德,啟迪后人,第二年,丹陽地方紳士徐錫麟等人特意撰文并刻寫了《重建萬善禪寺碑記》,豎立在寺內。碑高2.5米,碑寬0.50米,碑首雕刻著“二龍戲珠”圖案,上刻“十方常住,重建碑記”八個楷體大字。到抗日戰爭爆發前夕,萬善海會寺寺院保存完好,時為丹陽名寺之一。
新海會寺于2009年11月18日正式奠基動工,新建海會寺位于萬善塔之東南地塊,呈倒梯形,總用地面積約95.9畝,總建設面積63983平方米,總投資約1億元。海會寺西北側還將與
萬善公園的水面相通,由橋梁溝通,其他三面均與城市道路相接。由于采用與傳統佛寺制式有傳承的軸對稱格局,寺廟以對稱軸為中心依次展開
而此次院方運用了60只KSOUND MD系列音箱
、SAILTEN無線會議通信、BOSWELL博士威爾的發言系統用來構造整個音頻系統。經過院方實際講經使用后,一致高度評價了這套系統。